Trên địa bàn thành phố Phúc Yên có nhiều chợ, trung tâm thương mại lớn, các showroom ô tô xe máy phục vụ nhu cầu của người dân thành phố và các địa bàn lân cận như: Mê Linh, Đông Anh, Sóc Sơn, Bình Xuyên, Yên Lạc, Phổ Yên.

Siêu thị Lan Chi Mart, Phúc Yên Mart, Phúc Yên Plaza, Thành Nghĩa, chợ Phúc Yên, chợ Đồng Xuân, TTTM Đồng Sơn, TT nội thất Tùng Chi, Siêu thị điện máy Pico, Thế giới di động, Viettel Store, FPT Shop, Điện máy xanh, Siêu thị điện máy Mediamart, Sakuko Family.....